メタゲノミクス：市場シェア分析、業界動向と統計、成長予測（2026年～2031年）

Mordor Intelligenceによると、2026年のメタゲノミクス市場規模は37億6,000万米ドルと推定されており、2025年の32億8,000万米ドルから拡大し、2031年には74億1,000万米ドルに達すると予測されています。

2026年から2031年にかけてのCAGRは14.57％となる見込みです。

本レポートは、製品別（シーケンシングおよびデータ分析サービスなど）、技術別（シーケンシング主導型、機能主導型など）、用途別（人間の健康、環境モニタリングなど）、エンドユーザー別（学術機関、臨床診断検査室など）、地域別（北米、欧州、アジア太平洋など）に分類されています。市場規模および予測は、金額（米ドル）で示されています。

世界のメタゲノミクス市場の動向と洞察

メタゲノミクス分野における研究開発費の増加

微生物を標的とした新規創薬プログラムがますます重要になるにつれ、製薬およびバイオテクノロジー企業はメタゲノミクスへの投資を拡大しています。サーモフィッシャーサイエンティフィック社は、メタゲノミクス関連の能力を強化するための買収に400億～500億米ドルを割り当てており、次世代の治療法にはマイクロバイオームを中心としたデータが不可欠であるという経営陣の確信を示しています。米国国立衛生研究所（NIH）の「ヒト・ヴィローム・プログラム」は、2026年までのツール開発に約250万米ドルを投じ、臨床応用を加速させる産学連携を促進しています。また、2025会計年度に3,200万米ドルの予算が割り当てられた米国国立科学財団（NSF）の「感染症の生態学と進化」イニシアチブなどの政府助成金は、メタゲノミクスと計算モデリングを結びつける学際的な研究を後押ししています。

ハイスループットシーケンシングのコスト低下

全ゲノムシーケンシングの価格は2024年に600米ドルまで急落し、臨床現場での広範な導入が可能となりました。Ultima Genomics社は、Q60精度で100米ドルのゲノムシーケンシングを実現し、業界の常識をさらに覆しました。これにより、既存企業は利益率を圧縮し、製品サイクルを加速せざるを得なくなりました。ミネソタ大学のElement AVITIプラットフォームなどによるさらなる価格引き下げにより、同等のスループットにおいて、次世代シーケンシングの価格はイルミナ社の主力製品であるNovaSeqを下回る水準となりました。設備投資からバイオインフォマティクスの専門知識への予算配分のシフトにより、検査室のコスト構造は再構築されつつあります。

包括的なメタゲノム解析ワークフローの総コストの高さ

シーケンシング自体のコストは低下しているもの、計算インフラ、ストレージ、認定費用を含めると、総所有コストは依然として高止まりしています。米国防総省のパイロットプロジェクトでは、サンプルのプーリングと仮想化技術がさらに成熟しない限り、日常的な運用において、日次メタゲノム生物監視のコストは依然として10～100倍高すぎると結論づけられました。低・中所得地域では、物流費や関税により消耗品の価格が押し上げられているため、ゲノム1つあたり最大4,500米ドルの費用がかかっています。

セグメント分析

キットおよび試薬は、2025年の収益の44.60％を占めました。これは、シーケンシングの実行ごとに、再現性のある結果を保証する標準化された消耗品が消費されるためです。一方、シーケンシングおよびデータ分析サービスはCAGR17.85％で拡大しており、これは研究所が計算負荷の高い工程を専門業者に委託することを好む傾向を反映しています。サービス分野におけるメタゲノミクス市場の規模は、2031年までに3倍以上に拡大すると予測されています。機器および消耗品については、安定した更新需要が維持される一方、クラウド経由で提供されるソフトウェアパイプラインは、リソースに制約のある施設にとっての参入障壁を低下させています。

規制当局が、小規模な研究所が自社内で構築することは稀な、監査可能なパイプラインを要求するにつれ、アウトソーシングの勢いは強まっています。QIAGENが主要なクラウドベンダーと結んだ「Digital Insights」パートナーシップは、サービスエコシステムがいかにして継続的な収益を確保しているかを示しており、一方、Novogeneの高スループットモデルは、学術コンソーシアム向けに競争力のある価格帯を提供しています。コンプライアンスの負担とバイオインフォマティクス人材の不足が相まって、予測期間を通じてマネージドサービスの二桁成長が持続すると見込まれます。

2025年には、シーケンシング主導のワークフローがメタゲノミクス市場シェアの62.10％を占めましたが、第3世代ロングリード・プラットフォームはCAGR20.90％で拡大しています。ロングリードは、微生物の完全なゲノムをアセンブルし、プラスミド由来の耐性遺伝子を明らかにし、エピジェネティックな修飾をリアルタイムで定量化します。機能主導型プロトコルは依然としてニッチな領域にとどまっていますが、バイオプロセスの最適化には不可欠であり、一方、アンプリコンベースのアプローチは、コスト重視のサーベイランス分野で引き続き採用されています。ロングリード応用分野におけるメタゲノミクス市場の規模は、病院の感染管理プログラムや大規模な環境プロジェクトを後押しとして、2031年までに22億8,000万米ドルを超えると見込まれます。

リアルタイム・ナノポアシーケンシングにより、国境検問所や遠隔地の農場などでの現場展開型診断が可能になります。ロングリードDNAおよびRNAシーケンシングを組み合わせた研究者たちは、現在、活性な遺伝子発現とゲノムコンテキストとの相関関係を解明しており、この能力によって新たな抗感染標的が明らかになると期待されています。一方、プラットフォームベンダー各社は、ハイブリッドアセンブリにおいてショートリードの深度とロングリードのコンテキストを融合させるため、規格の調和を図っています。

地域別分析

北米は、確立されたシーケンシングインフラ、密集したバイオテクノロジークラスター、そして有利な保険償還制度により、2025年には世界の収益の46.20%を占めました。米国のNIH「All of Us」研究プログラムなどの連邦プロジェクトは、マイクロバイオームを重点的に扱うプロトコルへの資金提供を継続しており、国内需要を支えています。カナダの「プレシジョン・ヘルス・イニシアチブ」は、この地域のシーケンシング処理量をさらに押し上げています。

欧州は、「ホライズン・欧州」の資金提供や、実世界におけるマイクロバイオームデータに対する欧州医薬品庁（EMA）の支持的な姿勢の恩恵を受け、堅調な地位を維持しています。国境を越えた臨床試験ではメタゲノムエンドポイントの採用が増加しており、欧州全域の参照検査室におけるデータパイプラインの標準化が促進されています。また、この地域には、プラットフォームを世界中に輸出している主要なバイオインフォマティクスソフトウェアベンダーが複数存在しています。

アジア太平洋地域は、2031年までのCAGRが16.20％と、最も急速に成長している地域です。中国の「国家遺伝子バンク」の拡張やインドの「ゲノム・インディア」イニシアチブは、従来のインフラを飛躍的に向上させることを目指す政府資金によるプログラムの好例です。BGIなどの国内企業は、DNBSEQ-T7のようなコスト効率の高いプラットフォームを活用して、現地での普及を推進すると同時に、アフリカやラテンアメリカへソリューションを輸出しています。シンガポールと韓国は、AIを活用した精密医療のパイロット事業に多額の投資を行っており、この広範な地域をエンドツーエンドのメタゲノミクス・エコシステムの試験場として位置づけています。中東およびアフリカでは、公衆衛生機関が感染症の早期警報のために廃水監視を取り入れるにつれ、まだ初期段階ではありますが関心が高まっています。一方、南米では、欧州の研究所と提携してプロトコルを移転し、現地の人材育成体制を構築しています。

その他の特典：

• エクセル形式の市場予測（ME）シート
• 3ヶ月間のアナリストによるサポート

よくあるご質問

• 2026年のメタゲノミクス市場規模はどのように予測されていますか？
  • 2026年のメタゲノミクス市場規模は37億6,000万米ドルと推定されており、2031年には74億1,000万米ドルに達すると予測されています。CAGRは14.57％です。
• メタゲノミクス市場における主要企業はどこですか？
  • Illumina Inc.、Thermo Fisher Scientific Inc.、QIAGEN N.V.、F. Hoffmann-La Roche Ltd、BGI Group、Novogene Co., Ltd.、PerkinElmer Inc.、Eurofins Scientific SE、Oxford Nanopore Technologies plc、Pacific Biosciences of California, Inc.などです。
• メタゲノミクス市場のセグメント別の収益はどのようになっていますか？
  • キットおよび試薬は2025年の収益の44.60％を占め、シーケンシングおよびデータ分析サービスはCAGR17.85％で拡大しています。
• メタゲノミクス市場の地域別の成長率はどのようになっていますか？
  • アジア太平洋地域は2031年までのCAGRが16.20％と、最も急速に成長している地域です。
• メタゲノミクス市場における研究開発費の増加はどのように影響していますか？
  • 製薬およびバイオテクノロジー企業はメタゲノミクスへの投資を拡大しており、サーモフィッシャーサイエンティフィック社は400億～500億米ドルを割り当てています。
• ハイスループットシーケンシングのコストはどのように変化していますか？
  • 全ゲノムシーケンシングの価格は2024年に600米ドルまで急落し、Ultima Genomics社はQ60精度で100米ドルのゲノムシーケンシングを実現しました。
• メタゲノミクス市場の総所有コストはどのようになっていますか？
  • シーケンシングのコストは低下しているが、計算インフラ、ストレージ、認定費用を含めると、総所有コストは依然として高止まりしています。

目次

第1章 イントロダクション

• 調査の前提条件と市場の定義
• 調査範囲

第2章 調査手法

第3章 エグゼクティブサマリー

第4章 市場情勢

• 市場概要
• 市場促進要因
  • メタゲノミクス分野における研究開発費の増加
  • ハイスループットシーケンシングのコスト低下
  • ライブラリ調製およびバイオインフォマティクスのパイプラインにおける継続的な改善
  • 超長読取シーケンシング技術の登場により、菌株レベルの知見が得られるようになりました
  • AIを活用したポイント・オブ・ケア感染症メタゲノミクス・プラットフォーム
  • オープンデータセットを公開する各国のマイクロバイオーム・データ・コモンズ・イニシアチブ
• 市場抑制要因
  • 包括的なメタゲノム解析ワークフローの総コストの高さ
  • データ解釈を担う熟練したバイオインフォマティシャンが不足している
  • 偶発的なヒトゲノム所見をめぐるデータプライバシーおよび倫理的懸念
  • 酵素および試薬のサプライチェーンを混乱させる輸出規制リスク
• サプライチェーン分析
• 規制情勢
• 技術展望
• ポーターのファイブフォース分析

第5章 市場規模と成長予測

• 製品別
  • シーケンシングおよびデータ分析サービス
  • キットおよび試薬
  • 機器および消耗品
  • ソフトウェアおよびパイプラインツール
  • その他
• 技術別
  • シーケンシング主導型メタゲノミクス
  • 機能駆動型メタゲノミクス
  • 第3世代ロングリードシーケンシング
  • アンプリコンを用いたターゲットシーケンシング
  • メタトランスクリプトミクス
• 用途別
  • 人間の健康
  • 環境モニタリングおよびバイオレメディエーション
  • 農業および食品安全検査
  • その他
• エンドユーザー別
  • 学術研究機関
  • 製薬・バイオテクノロジー企業
  • 臨床診断検査室
  • 環境・食品検査機関
  • CROおよびサービスプロバイダー
• 地域別
  • 北米
    • 米国
    • カナダ
    • メキシコ
  • 欧州
    • ドイツ
    • 英国
    • フランス
    • イタリア
    • スペイン
    • その他の欧州諸国
  • アジア太平洋
    • 中国
    • 日本
    • インド
    • 韓国
    • オーストラリア
    • その他のアジア太平洋諸国
  • 中東・アフリカ
    • GCC
    • 南アフリカ
    • その他の中東・アフリカ諸国
  • 南米
    • ブラジル
    • アルゼンチン
    • その他の南米諸国

第6章 競合情勢

• 市場集中度
• 市場シェア分析
• 企業プロファイル
  • Illumina Inc.
  • Thermo Fisher Scientific Inc.
  • QIAGEN N.V.
  • F. Hoffmann-La Roche Ltd
  • BGI Group
  • Novogene Co., Ltd.
  • PerkinElmer Inc.
  • Eurofins Scientific SE
  • Oxford Nanopore Technologies plc
  • Pacific Biosciences of California, Inc.
  • Agilent Technologies, Inc.
  • Bio-Rad Laboratories, Inc.
  • Promega Corporation
  • Merck KGaA
  • Takara Bio Inc.
  • Zymo Research Corporation
  • Genewiz（Azenta Life Sciences）
  • CosmosID Inc.
  • Genscript Biotech Corporation
  • Brooks Life Sciences（Cell & Gene Solutions）

第7章 市場機会と将来の展望