シングルセルゲノムシーケンシング：市場シェア分析、業界動向と統計、成長予測（2026年～2031年）

Mordor Intelligenceによると、シングルセルゲノムシーケンシング市場の規模は2025年に38億2,000万米ドルと評価され、2026年の43億9,000万米ドルから2031年までに88億米ドルに達すると予測されており、予測期間（2026年～2031年）におけるCAGRは14.94％となる見込みです。

本レポートは、製品タイプ（試薬・消耗品など）、シーケンシング技術（ショートリードNGS、ロングリードなど）、ワークフロー段階（シングルセルの分離・分割など）、用途（腫瘍学など）、エンドユーザー（学術・研究機関など）、および地域（北米など）ごとに分類されています。市場予測は金額（米ドル）ベースで提示されています。

世界のシングルセルゲノムシーケンシング市場の動向と洞察

精密腫瘍学およびMRDワークフローの成長

現在、微小残存病変（MRD）アッセイでは、細胞レベルのバリアントコールが用いられ、0.01％未満の頻度で悪性クローンを検出しています。これは、バルクシーケンシングでは達成できない感度です。ダナ・ファーバーがん研究所およびメモリアル・スローン・ケタリングがんセンターは、2024年にChromiumプラットフォームを導入し、急性リンパ性白血病のコホートにおけるクローン進化を追跡することで、その臨床的有用性を実証しました。2024年10月にOncomine Dxの追加パネルがFDAの承認を受けたことで、コンパニオン診断における単一細胞データの正当性が認められ、保険者による償還や製薬企業による臨床試験での採用が加速しました。MRDの早期検出は、再発に伴うコストを削減し、がん治療薬の開発期間を短縮するため、シングルセルゲノムシーケンシング市場における支出の勢いをさらに強めています。

データ品質を向上させる単一細胞WGA化学の進歩

従来、対立遺伝子のドロップアウトやGCバイアスが臨床応用を制限していました。タカラバイオの2024年のPicoPLEXアップデートにより、30Xのシーケンス深度で95%以上のゲノムカバレッジを達成し、バルク法との精度の差を縮めました。BioSkryb社のプライマリテンプレート指向増幅技術により、従来のMDAキットと比較して、構造判定の誤りを60%削減しました。規制当局は現在、申請書類において均一性指標を参照しており、バイアスの少ない化学法を文書化しているサプライヤーを優遇しているため、シングルセルゲノムシーケンシング市場をさらに活性化させています。

サンプル当たりおよび装置のコストの高さ

サンプルあたりの費用は500米ドルから2,000米ドルの範囲ですが、主力シーケンサーの定価は100万米ドルに達し、小規模な研究機関にとっては障壁となっています。専用カートリッジの設計により消耗品は依然として高価であり、クラウドバイオインフォマティクスにはサンプルあたり50米ドルから150米ドルの費用が追加されます。コストは、当面の間、シングルセルゲノムシーケンシング市場の足かせとなり続けています。

セグメント分析

試薬および消耗品は、2025年の売上高の44.78％を占めており、シングルセルゲノムシーケンシング市場の規模において、これらの製品が継続的な需要を持つことが浮き彫りになっています。独自仕様のマイクロ流体カートリッジにより、すべての実験がベンダー固有のキットに縛られるため、装置の導入が定着した後も、予測可能な再発注サイクルが生まれています。16万9,000米ドルの「Vega」のようなベンチトップ型ロングリードシステムにより、中規模の研究機関がコア施設の利用時間を予約する代わりに装置を購入できるようになるため、装置市場はCAGR16.89％で成長すると予測されています。

導入台数の拡大に伴い、特に北米では初期に導入されたNovaSeqの減価償却期限が近づいていることから、機器の買い替え需要が高まっています。タカラバイオやQIAGENのユニバーサルライブラリキットは、消耗品のロックインを緩和することを目指していますが、統合型ベンダーはリースファイナンスや試薬のバンドル販売を通じてシェアを守っています。ソフトウェアのサブスクリプションは、永久ライセンスではなくサンプルごとの料金体系によりバイオインフォマティクスを収益化しており、収益を処理量に連動させることで、シングルセルゲノムシーケンシング市場全体における長期的なキャッシュフローの可視性を支えています。

2025年、NovaSeqおよびNextSeqのコスト効率を背景に、ショートリードプラットフォームはシングルセルゲノムシーケンシング市場の66.90％のシェアを占めました。ロングリードの成長率（CAGR 17.88％）は、構造変異の検出やハプロタイプフェージングにおける優れた性能に支えられており、これらはショートリードでは複雑なアセンブリなしには実現できません。

オックスフォード・ナノポア社の「PromethION Plus」は、1ゲノムあたり345米ドル未満を実現すると見込まれており、一方、ターゲットキャプチャー法は全ゲノム増幅を不要にすることで、出生前遺伝学や腫瘍学におけるデータの信頼性を向上させています。ロングリードに関する規制の枠組みは依然として発展途上ですが、初期の臨床検証からは、シングルセルゲノムシーケンシング業界において、ロングリードが既存の技術を置き換えていく可能性が高まっていることが示唆されています。

地域別分析

北米は2025年に売上高の43.70％を占め、NIH（米国国立衛生研究所）の資金提供や、MRD（微小残存病変）の臨床応用が最も早く進んだことの恩恵を受けています。米国FDAが2024年10月にOncomine Dxにおける単一細胞変異コール技術を承認したことで、診断分野における同技術の有効性が裏付けられ、病院による導入が促進されました。輸出規制により部品不足のリスクがありますが、現地での製造体制が整っているため、深刻な混乱は回避されています。

欧州では、「ヒューマン・セル・アトラス」のような国境を越えたコンソーシアムを活用して参照データセットを共有していますが、GDPR（一般データ保護規則）により、経済的なクラウドストレージの利用が妨げられています。アムステルダムUMCやシャリテにおける空間オミクスの導入はイノベーションを裏付けていますが、オンプレミスでのコンピューティングへの投資が展開を遅らせています。

アジア太平洋地域は、中国の各省による精密医療予算や、日本の製薬企業が細胞治療ラインに単一細胞品質管理（QC）を導入していることなどに後押しされ、CAGR16.72％で最も急速に成長している地域です。エンティティリストによる規制が中国のバイヤーにとって課題となっており、これがMGI Techによる国内での機器開発の加速を促しています。

中東およびアフリカでは、ゲノミクスセンターの設立に湾岸諸国の政府系ファンドに依存している一方、ラテンアメリカの成長は依然として為替変動の影響を受けやすい状況にあります。ブラジルの国立バイオバンクは2024年に単一細胞プロトコルを統合し、サンプル資産の将来性を確保するとともに、シングルセルゲノムシーケンシング市場への地域的なアクセスを拡大しました。

その他の特典：

• エクセル形式の市場予測（ME）シート
• 3ヶ月間のアナリストによるサポート

よくあるご質問

• シングルセルゲノムシーケンシング市場の規模はどのように予測されていますか？
  • 2025年に38億2,000万米ドル、2026年には43億9,000万米ドル、2031年までには88億米ドルに達すると予測されています。CAGRは14.94%です。
• シングルセルゲノムシーケンシング市場の主な製品タイプは何ですか？
  • 試薬・消耗品、機器、ソフトウェアおよびサービスです。
• シングルセルゲノムシーケンシング市場の主要なシーケンシング技術は何ですか？
  • ショートリードNGS、ロングリード、PCR、マイクロアレイ、その他の基盤技術です。
• シングルセルゲノムシーケンシング市場の用途にはどのようなものがありますか？
  • オンコロジー、免疫学および感染症、出生前・胚の遺伝学および生殖医療、神経学および体細胞モザイク現象、微生物学およびメタゲノミクスです。
• シングルセルゲノムシーケンシング市場のエンドユーザーは誰ですか？
  • 学術研究機関、製薬・バイオテクノロジー企業、病院・診断検査室です。
• シングルセルゲノムシーケンシング市場の地域別の売上高はどのようになっていますか？
  • 北米が2025年に売上高の43.70%を占めています。
• シングルセルゲノムシーケンシング市場における主要企業はどこですか？
  • Agilent Technologies、BGI Americas、Bio-Rad Laboratories、Illumina、Thermo Fisher Scientificなどです。
• シングルセルゲノムシーケンシング市場の成長を促進する要因は何ですか？
  • 精密腫瘍学およびMRDワークフローの利用拡大、単一細胞WGA化学技術の進歩、シーケンシングコストの低下、Cell-Atlasおよびバイオバンク・イニシアチブの拡大などです。
• シングルセルゲノムシーケンシング市場の抑制要因は何ですか？
  • 1検体あたりのコストおよび機器のコストが高いこと、複雑なバイオインフォマティクスとストレージの負担、輸出・調達規制によるプラットフォームの選択肢の制限などです。

目次

第1章 イントロダクション

• 調査の前提条件と市場の定義
• 調査範囲

第2章 調査手法

第3章 エグゼクティブサマリー

第4章 市場情勢

• 市場概要
• 市場促進要因
  • 精密腫瘍学および測定可能残存病変（MRD）ワークフローの利用拡大。
  • 単一細胞WGA化学技術の進歩により、データの質が向上しています
  • シーケンシングコストの低下とハイスループットプラットフォームの利用可能性。
  • Cell-Atlasおよびバイオバンク・イニシアチブの拡大
  • CGTワークフローおよびトランスレーショナルリサーチにおけるトライオミクスの導入拡大。
  • ターゲットを絞ったロングリード単一細胞プロトコルの進展
• 市場抑制要因
  • 1検体あたりのコストおよび機器のコストが高いこと。
  • 複雑なバイオインフォマティクスとストレージの負担。
  • 輸出・調達規制により、プラットフォームの選択肢が制限されています。
  • 知的財産権（IP）に関する障壁およびライセンシングに関する制約
• バリュー・サプライチェーン分析
• 規制情勢
• 技術展望
• ポーターのファイブフォース

第5章 市場規模と成長予測

• 製品タイプ別
  • 試薬・消耗品
  • 機器
  • ソフトウェアおよびサービス
• シーケンシング技術／プラットフォーム別
  • ショートリードNGS
  • ロングリード
  • PCR
  • マイクロアレイ
  • その他の基盤技術
• ワークフロー段階別
  • シングルセルの分離および分画
  • 全ゲノム増幅（WGA）およびライブラリ調製
  • ゲノム解析およびデータ解釈
• 用途別
  • オンコロジー
  • 免疫学および感染症
  • 出生前・胚の遺伝学および生殖医療
  • 神経学および体細胞モザイク現象
  • 微生物学およびメタゲノミクス
• エンドユーザー別
  • 学術研究機関
  • 製薬・バイオテクノロジー企業
  • 病院・診断検査室
• 地域別
  • 北米
    • 米国
    • カナダ
    • メキシコ
  • 欧州
    • ドイツ
    • 英国
    • フランス
    • イタリア
    • スペイン
    • その他の欧州諸国
  • アジア太平洋
    • 中国
    • 日本
    • インド
    • オーストラリア
    • 韓国
    • その他のアジア太平洋諸国
  • 中東・アフリカ
    • GCC
    • 南アフリカ
    • その他の中東・アフリカ諸国
  • 南米
    • ブラジル
    • アルゼンチン
    • その他の南米諸国

第6章 競合情勢

• 市場集中度
• 市場シェア分析
• 企業プロファイル
  • Agilent Technologies
  • BGI Americas
  • BGI Group
  • Bio-Rad Laboratories
  • BioSkryb Genomics
  • CD Genomics
  • Danaher
  • F. Hoffmann-La Roche AG
  • Illumina
  • MGI Tech
  • Mission Bio
  • Novogene
  • Oxford Nanopore Technologies
  • PacBio（Pacific Biosciences）
  • Psomagen
  • QIAGEN
  • Silicon Biosystems（Ampli1）
  • Standard BioTools（Fluidigm）
  • Takara Bio
  • Thermo Fisher Scientific
  • Yikon Genomics

第7章 市場機会と将来の展望