メタゲノムシーケンスの世界市場 2025年～2035年

メタゲノムシーケンス市場規模、シェア、動向分析レポート - 用途別（創薬、臨床診断、土壌マイクロバイオーム、産業応用、生態環境、獣医）、製品・サービス別（試薬・消耗品、機器、シーケンスサービス、分析およびデータ解釈ソリューション）、技術別（16s RNAシーケンス、ショットガンメタゲノムシーケンス、全ゲノムシーケンスおよびデノボアセンブリ、メタトランスクリプトミクス）、ワークフロー別（サンプル調製、シーケンス、データ処理および分析）、予測期間（2025-2035年）

業界概要

メタゲノムシーケンス市場は2024年に22億米ドルと評価され、予測期間（2025年～2035年）にCAGR 17.7％で成長し、2035年には137億米ドルに達すると予測されます。メタゲノムシーケンス分野は、次世代シーケンシング技術の進歩によって精度、処理速度、コスト効率が大幅に向上し、アプリケーション全体への広範かつ迅速な導入が促進されたことが主な要因となって、持続的な成長を遂げています。疾病の早期発見と個別化医療がますます重視されるようになっていることも、技術受容の加速を後押ししています。ヘルスケアと環境研究の両分野でマイクロバイオーム研究への投資が活発化しており、これが市場の成長、政府の景気刺激策、ゲノミクスのイノベーションを促進する官民パートナーシップを刺激しています。感染症の増加と抗生物質耐性が、より包括的な微生物プロファイルの必要性を高めています。さらに、世界中で拡大するバイオテクノロジーと製薬産業は、生物学的影響の推進力として作用しています。

市場力学

ゲノム配列決定のコスト低下

世界知的所有権機関（WIPO）の2025年3月の発表によると、全ゲノムシークエンシングのコストが2001年の約1億米ドルから2023年までに米国で5億米ドル強まで大幅に削減されたことは、ヘルスケアのイノベーションを進める上で極めて重要な要因であり、正確な診断を特定し、的を絞った治療戦略を開発する能力を大幅に向上させました。この劇的なコスト削減は、高解像度ゲノム解析へのコスト削減とアクセス容易化により、メタゲノミックシークエンシングを含む多くの新しいゲノム技術の採用を加速すると思われます。特に中低所得国において、この技術への公平なアクセスを提供することは不可欠であるが、それは依然として課題です。光学的ゲノムマッピング（OGM）を世界的に拡大し、精密医療を支援し、国際的規模でゲノム研究を推進する可能性を最大限に引き出すためには、手頃な価格と利用しやすさを確保することが不可欠です。

ロングリードシーケンスの進歩

ロングリードシーケンス技術の向上は、メタゲノムシーケンス業界に利益をもたらしています。ロングリードシーケンス技術は、複雑な微生物ゲノムを正確にアセンブルし、ゲノム配列の構造変異をよりよく同定するための追加ツールを提供することで、メタゲノムシーケンスの取り組みを前進させています。ロングリードシーケンス法は、長い遺伝子を全長として回収することができ、（環境、臨床、または工業的な）多くの多様なマイクロバイオームで見られる、非常に反復性の高い、または非常に存在量の少ない配列を解決することができます。さらに、より長いリードは分類学的解像度の向上に貢献し、メタゲノム群集の構造に関するさらなる洞察を提供します。

市場セグメンテーション

• アプリケーションに基づき、市場は創薬、臨床診断、土壌マイクロバイオーム、産業アプリケーション、生態・環境、獣医学に区分されます。
• 製品・サービスに基づくと、市場は試薬・消耗品、機器、シーケンスサービス、解析・データ解釈ソリューションに区分されます。
• 技術に基づくと、市場は16s RNAシーケンス、ショットガンメタゲノムシーケンス、全ゲノムシーケンスおよびde novoアセンブリ、メタトランスクリプトミクスに区分されます。
• ワークフローに基づき、市場はサンプル調製、シーケンス、データ処理および解析に区分されます。

市場をリードするショットガンメタゲノムシーケンスセグメント

メタゲノムシーケンス市場の成長促進要因の1つは、ショットガンメタゲノムシーケンスの採用が増加していることです。ショットガンメタゲノムシーケンスでは、サンプルの遺伝物質をすべてシーケンスするため、微生物の集団全体に関する情報が得られます。低存在量の生物、新興（新規）病原体、抗生物質耐性遺伝子の検出に使用できるため、臨床、環境、研究の場面で威力を発揮します。研究者は、食品由来病原体や細菌性病原体の同定に使用されるターゲットシーケンス法と同等またはそれ以上の解像度を提供できるショットガンメタゲノムシーケンスを支持しています。さらに、シーケンスコストは世界的に低下し、新しく強力なバイオインフォマティクスツールにより、新しいアプリケーション、診断（ヒトおよび環境）、マイクロバイオーム研究、疫学において、より広範かつ迅速な導入が可能になりました。例えば、Illumina Inc.の一連のシーケンサーは、ハイスループットショットガンメタゲノムシーケンスプラットフォームとして業界をリードしています。メタゲノムシーケンス分野の成長に共通するのは、信頼できる精度と密度の高いデータソースの必要性です。

臨床診断：市場成長の主要セグメント

臨床／診断ベンチマーク分野がメタゲノムシーケンス市場の潜在的な支配的原動力へと発展する中、診断プラットフォームとしてのメタゲノムシーケンスには、病原体の存在を事前に知ることなく幅広い病原体を検出し、病原体を同定し、さらには病原体の疑いを示す力があります。ここでの目標は、メタゲノミックシークエンシングを使用して潜在的な治療法を臨床医に知らせ、感染症の効果的な治療に取り組むことで、患者の転帰を向上させることです。診断用メタゲノムシークエンシングは、抗菌薬耐性に関する臨床的洞察を提供し、臨床医の意思決定に情報を提供することができます。さらに、新規病原体や希少病原体、および免疫不全患者における複数の病原体に対する最後の手段として、効果的な診断方法です。例えば、Oxford Nanopore TechnologiesのMinIONシーケンシングプラットフォームで使用されているような装置は、すでにリアルタイムの臨床診断に取り入れられています。感染症のペースが速まる中、診断用メタゲノムシーケンスの採用はまさに急速に進んでおり、その潜在的な可能性はまだまだ成長することが知られています。

地域別展望

世界のメタゲノムシーケンス市場はさらに地域別に、北米（米国とカナダ）、欧州（英国、ドイツ、フランス、イタリア、スペイン、ロシア、その他欧州地域）、アジア太平洋（インド、中国、日本、韓国、オーストラリア、ニュージーランド、ASEAN諸国、その他アジア太平洋地域）、世界のその他の地域（中東とアフリカ、中南米）に分けられます。

欧州における医療研究・ヘルスケア分野での用途拡大

英国製薬工業協会（ABPI）によると、2024年8月、医学研究とヘルスケアにおける重要な応用に牽引され、世界のゲノム市場が大幅に成長することが強調されました。市場は2021年から2025年の間に107億5,000万ポンド（116億米ドル）拡大すると予測されています。英国では近年、ゲノミクス活動によって推定24億ポンド（25億米ドル）の総売上高が生まれています。英国は、バイオインダストリー協会（BIA）、メディシン・ディスカバリー・カタパルト（MDC）、ウェルカム・サンガー研究所の支援により、ゲノム能力における世界的リーダーとして頭角を現し、英国内のゲノム関連企業140社以上を特定し、その推定売上高は24億ポンド（25億米ドル）に達しました。COVID-19ゲノミクスUKコンソーシアム（COG-UK）や、国家レベルでの大規模な診断やシーケンシングなど、強力なゲノムエコシステムは、COVID-19パンデミックに対する英国の対応にとって重要でした。この強力な基盤、特にメタゲノム解析は、ゲノム技術が進歩し続け、ゲノム解析が研究および臨床診断の両分野でより広く採用されるようになるにつれて、急速に成長する態勢が整っています。この成長は、国際的規模でのイノベーションと精密医療への道を開くことになります。

北米地域が主要シェアで市場を独占

メタゲノムシーケンスの北米市場は、さまざまな要因の結果として堅調な拡大を遂げています。この地域には確立された先端研究機関が多数あります。この地域には多くのバイオテクノロジー企業が設立されています。ゲノミクスや精密医療に対する官民の投資は拡大を続けており、市場の成長を後押ししています。慢性疾患や感染症の蔓延が、新規かつ高度な診断検査開発の必要性を煽っています。政府によるメタゲノム技術を支援する政策や資金提供イニシアティブは、シーケンス技術以外の開発を促進します。この地域のヘルスケアシステムはよく発達しており、プログラムや政策立案者が支援する最新技術の早期導入が可能です。学術界や産業界を中心とする科学コミュニティは共同研究を促進し、科学の進歩をより迅速に実現するのに役立っています。臨床や環境への応用に向けた微生物ゲノミクスの認知度の向上は、市場の持続的成長を後押しすると思われます。

最近の動向

• 2025年4月、さまざまなライフサイエンス研究、診断、治療製品開発、精密医療アプリケーションをサポートするメタボロミクスソリューションを商業的に提供するMetabolon, Inc.は、メタゲノミクスシーケンスおよびバイオインフォマティクスツールと新しいマイクロバイオーム代謝物パネルを組み合わせた完全なマイクロバイオーム研究ソリューションの発売を発表しました。Metabolonの新しいマイクロバイオーム研究ソリューションは、高品質のメタゲノムシーケンスオプションを提供し、顧客がメタゲノミクスデータをメタボロームデータや表現型データとシームレスに統合するためのシーケンス手法や深度を選択できるようにします。
• 2024年10月、感染症向けメタゲノム次世代シーケンシング（mNGS）のDelve Bio社と、ゲノムシーケンスおよび検査ラボの大手であるBroad Clinical Labs社（BCL社）は、神経学、感染症、臨床ゲノミクスの専門知識を提供し、神経感染症患者のメタゲノミクスアクセスを拡大するための提携を発表しました。

目次

第1章 レポートサマリー

• 現在の業界分析と成長の可能性の展望
• 世界のメタゲノムシーケンス市場の売上高分析 - 技術｜製品・サービス｜ワークフロー｜用途
• メタゲノムシーケンス市場上位国の販売実績
• 調査手法
• 1次調査アプローチ
• 2次調査アプローチ
• 市場スナップショット

第2章 市場概要と洞察

• 調査範囲
• アナリストの洞察と現在の市場動向
  • メタゲノムシーケンス業界の主要動向
  • 市場推奨事項
• メタゲノムシーケンス市場のポーターのファイブフォース分析
  • 競争企業間の敵対関係
  • 新規参入業者の脅威
  • 供給企業の交渉力
  • 買い手の交渉力
  • 代替品の脅威

第3章 市場の決定要因

• 市場促進要因
  • 世界のメタゲノムシーケンス市場の促進要因：影響分析
• 市場のペインポイントと課題
  • 世界のメタゲノムシーケンス市場の抑制要因：影響分析
• 市場機会

第4章 競合情勢

• 競合ダッシュボード：メタゲノムシーケンス市場の売上高とシェア - メーカー別
• メタゲノムシーケンス製品比較分析
• 主要企業ランキングマトリックス
• 主要企業分析
  • BGI Genomics
  • Illumina, Inc.
  • Oxford Nanopore Technologies plc.
  • QIAGEN GmbH
  • Thermo Fisher Scientific Inc.
• 市場企業の主要成功戦略
  • 合併と買収
  • 製品上市
  • パートナーシップとコラボレーション

第5章 世界のメタゲノムシーケンス市場の売上高分析：技術別

• 16s RNAシーケンス
• ショットガンメタゲノムシーケンス
• 全ゲノムシーケンスとデノボアセンブリ
• メタトランスクリプトミクス

第6章 世界のメタゲノムシーケンス市場の売上高分析：製品・サービス別

• 試薬および消耗品
• 機器
• シーケンスサービス
• 解析およびデータ解釈ソリューション

第7章 世界のメタゲノムシーケンス市場の売上高分析：ワークフロー別

• サンプル調製
• シーケンス
• データ処理と解析

第8章 世界のメタゲノムシーケンス市場の売上高分析：用途別

• 創薬
• 臨床診断
• 土壌マイクロバイオーム
• 産業応用
• 生態学および環境
• 獣医学

第9章 地域分析

• 北米のメタゲノムシーケンス市場売上高分析：技術｜製品＆サービス｜ワークフロー｜用途｜国別
• 北米のマクロ経済要因
  • 米国
  • カナダ
• 欧州のメタゲノムシーケンス市場の売上高分析：技術｜製品・サービス｜ワークフロー｜用途｜国別
• 欧州のマクロ経済要因
  • 英国
  • ドイツ
  • イタリア
  • スペイン
  • フランス
  • ロシア
  • その他欧州
• アジア太平洋のメタゲノムシーケンス市場の売上高分析：技術｜製品・サービス｜ワークフロー｜用途｜国別
• アジア太平洋のマクロ経済要因
  • 中国
  • 日本
  • 韓国
  • インド
  • オーストラリアとニュージーランド
  • ASEAN諸国（タイ、インドネシア、ベトナム、シンガポール、その他）
  • その他アジア太平洋
• 世界のその他の地域のメタゲノムシーケンス市場の売上高分析：技術｜製品＆サービス｜ワークフロー｜用途｜国別
• 世界のその他の地域のマクロ経済要因
  • ラテンアメリカ
  • 中東・アフリカ

第10章 企業プロファイル

• Agilent Technologies, Inc.
• Azenta Life Sciences
• Baseclear B.V.
• BGI Group
• Biomarker Technologies（BMKGENE）
• Biomatters Ltd.（Geneious）
• Bio-Rad Laboratories, Inc.
• Cd Genomics
• Celemics, Inc.
• Cosmosid Inc.
• DNAnexus, Inc.
• Eurofins Scientific SE
• F. Hoffmann-La Roche Ltd.
• Illumina, Inc.
• Macrogen, Inc.
• MGI tech GmbH, Ltd.
• Microsynth AG
• MR DNA（Molecular Research LP）
• New England Biolabs, Inc.
• Novogene Co., Ltd.
• Oxford Nanopore Technologies plc.
• Pacific Biosciences Of California, Inc.（Pacbio）
• QIAGEN GmbH
• Source BioScience UK Ltd.
• Takara Bio Inc.
• Thermo Fisher Scientific Inc.
• Zymo Research Corp.

LIST OF TABLES

• 1. Global Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Technology, 2024-2035 ($ Million)
• 2. Global 16s RNA Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 3. Global Shotgun Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 4. Global Whole-Genome Sequencing and De Novo Assembly Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 5. Global Metatranscriptomics Sequencing Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 6. Global Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Product & Service, 2024-2035 ($ Million)
• 7. Global Metagenomic Sequencing Reagents and Consumables Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 8. Global Metagenomic Sequencing Instruments Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 9. Global Metagenomic Sequencing Services Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 10. Global Metagenomic Sequencing Analysis and Data Interpretation Solutions Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 11. Global Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Workflow, 2024-2035 ($ Million)
• 12. Global Metagenomic Sequencing Sample Preparation Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 13. Global Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 14. Global Metagenomic Sequencing Data Processing and Analysis Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 15. Global Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Application, 2024-2035 ($ Million)
• 16. Global Metagenomic Sequencing For Drug Discovery Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 17. Global Metagenomic Sequencing For Clinical Diagnostic Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 18. Global Metagenomic Sequencing For Soil Microbiome Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 19. Global Metagenomic Sequencing For Industrial Applications Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 20. Global Metagenomic Sequencing For Ecological and Environmental Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 21. Global Metagenomic Sequencing For Veterinary Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 22. Global Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 23. North American Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Country, 2024-2035 ($ Million)
• 24. North American Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Technology, 2024-2035 ($ Million)
• 25. North American Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Product & Service, 2024-2035 ($ Million)
• 26. North American Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Workflow, 2024-2035 ($ Million)
• 27. North American Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Application, 2024-2035 ($ Million)
• 28. European Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Country, 2024-2035 ($ Million)
• 29. European Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Technology, 2024-2035 ($ Million)
• 30. European Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Product & Service, 2024-2035 ($ Million)
• 31. European Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Workflow, 2024-2035 ($ Million)
• 32. European Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Application, 2024-2035 ($ Million)
• 33. Asia-Pacific Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Country, 2024-2035 ($ Million)
• 34. Asia-Pacific Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Technology, 2024-2035 ($ Million)
• 35. Asia-Pacific Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Product & Service, 2024-2035 ($ Million)
• 36. Asia-Pacific Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Workflow, 2024-2035 ($ Million)
• 37. Asia-Pacific Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Application, 2024-2035 ($ Million)
• 38. Rest of the World Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Region, 2024-2035 ($ Million)
• 39. Rest of the World Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Technology, 2024-2035 ($ Million)
• 40. Rest of the World Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Product & Service, 2024-2035 ($ Million)
• 41. Rest of the World Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Workflow, 2024-2035 ($ Million)
• 42. Rest of the World Metagenomic Sequencing Market Research and Analysis by Application, 2024-2035 ($ Million)

LIST OF FIGURES

• 1. Global Metagenomic Sequencing Market Share by Technology, 2024 Vs 2035 (%)
• 2. Global 16s RNA Metagenomic Sequencing Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 3. Global Shotgun Metagenomic Sequencing Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 4. Global Whole-Genome Sequencing and De Novo Assembly Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 5. Global Metatranscriptomics Sequencing Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 6. Global Metagenomic Sequencing Market Share by Product & Service, 2024 Vs 2035 (%)
• 7. Global Metagenomic Sequencing Reagents and Consumables Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 8. Global Metagenomic Sequencing Instruments Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 9. Global Metagenomic Sequencing Services Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 10. Global Metagenomic Sequencing Analysis and Data Interpretation Solutions Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 11. Global Metagenomic Sequencing Market Share by Workflow, 2024 Vs 2035 (%)
• 12. Global Metagenomic Sequencing Sample Preparation Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 13. Global Metagenomic Sequencing Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 14. Global Metagenomic Sequencing Data Processing and Analysis Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 15. Global Metagenomic Sequencing Market Share by Application, 2024 Vs 2035 (%)
• 16. Global Metagenomic Sequencing For Drug Discovery Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 17. Global Metagenomic Sequencing For Clinical Diagnostic Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 18. Global Metagenomic Sequencing For Soil Microbiome Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 19. Global Metagenomic Sequencing For Industrial Applications Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 20. Global Metagenomic Sequencing For Ecological and Environmental Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 21. Global Metagenomic Sequencing For Veterinary Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 22. Global Metagenomic Sequencing Market Share by Region, 2024 Vs 2035 (%)
• 23. US Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 24. Canada Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 25. UK Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 26. France Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 27. Germany Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 28. Italy Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 29. Spain Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 30. Russia Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 31. Rest of Europe Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 32. India Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 33. China Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 34. Japan Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 35. South Korea Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 36. Australia and New Zealand Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 37. ASEAN Economies Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 38. Rest of Asia-Pacific Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 39. Latin America Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)
• 40. Middle East and Africa Metagenomic Sequencing Market Size, 2024-2035 ($ Million)

Metagenomic Sequencing Market Size, Share & Trends Analysis Report by Application(Drug Discovery, Clinical Diagnostic, Soil Microbiome, Industrial Applications, Ecological and Environmental and Veterinary), by Product & Service (Reagents and Consumables, Instruments, Sequencing Services, and Analysis and Data Interpretation Solutions), by Technology (16s RNA Sequencing, Shotgun Metagenomic Sequencing, Whole-Genome Sequencing and De Novo Assembly, and Metatranscrigptomics), and by Workflow (Sample Preparation, Sequencing, and Data Processing and Analysis), Forecast Period (2025-2035)

Industry Overview

Metagenomic sequencing market was valued at $2.2 billion in 2024 and is projected to reach $13.7 billion by 2035, growing at a CAGR of 17.7% during the forecast period (2025-2035). The metagenomic sequencing sector is experiencing sustained growth, largely propelled by advancements in next-generation sequencing technologies that have significantly enhanced accuracy, processing speed, and cost-efficiency, facilitating broader and more rapid adoption across applications. The increasing emphasis on early disease detection and personalized medicine supports the accelerating acceptance of technology. There are more investments in microbiome research, both within healthcare and environmental research, that are stimulating market growth, government stimulus funding, and public/private partnerships promoting innovation in genomics. The rise of infectious disease outbreaks and antibiotic resistance is driving the need for a more comprehensive microbial profile. Furthermore, the expanding biotechnology and pharmaceutical industries across the globe are acting as a driver of biological impact.

Market Dynamics

Falling Cost of Genome Sequencing

According to the World Intellectual Property Organization (WIPO), in March 2025, the substantial reduction in the cost of whole genome sequencing from approximately $100 million in 2001 to just over $500 million in the US by 2023 has been a pivotal factor in advancing healthcare innovation, significantly enhancing the capacity to identify accurate diagnoses and develop targeted treatment strategies. This dramatic cost reduction is likely to accelerate the adoption of a number of new genomic technologies, including Metagenomic Sequencing, by reducing the cost and facilitating access to high-resolution genomic analysis. While it is essential to provide equitable access to this technology, particularly in low- and middle-income countries, it remains an issue. Ensuring affordability and accessibility is essential for the global expansion of Optical Genome Mapping (OGM), enabling its full potential to support precision medicine and advance genomic research on an international scale.

Advancements in Long-Read Sequencing

Improvements in long-read sequencing technologies are benefiting the metagenomic sequencing industry. Long-read sequencing technologies are advancing metagenomic sequencing efforts by providing additional tools to accurately assemble complex microbial genomes and better identify structural variants in genome sequences. Long-read sequencing methods can recover long genes as full length and resolve very repetitive or very low-abundance sequences, found in many diverse microbiomes (in environmental, clinical, or industrial contexts). Furthermore, longer read lengths can contribute to an improved taxonomic resolution, providing further insights into the structure of metagenomic communities.

Market Segmentation

• Based on the application, the market is segmented into drug discovery, clinical diagnostics, soil microbiome, industrial applications, ecological and environmental, and veterinary.
• Based on the product & service, the market is segmented into reagents and consumables, instruments, sequencing services, and analysis and data interpretation solutions.
• Based on the technology, the market is segmented into 16s RNA sequencing, shotgun metagenomic sequencing, whole-genome sequencing and de novo assembly, and metatranscriptomics.
• Based on the workflow, the market is segmented into sample preparation, sequencing, and data processing and analysis.

Shotgun Metagenomic Sequencing Segment to Lead the Market

One of the primary drivers of growth in the metagenomic sequencing market is the rising adoption of shotgun metagenomic sequencing. Shotgun metagenomic sequencing provides information about entire populations of microbes, as it sequences every piece of genetic material from a sample. It can be used to detect low-abundance organisms, emerging (novel) pathogens, and antibiotic resistance genes, making it an asset in clinical, environmental, and research contexts. Researchers favour shotgun metagenomic sequencing for its capacity to provide resolution equal to and superior to targeted sequencing methods used for identifying foodborne and bacterial pathogens. Additionally, sequencing costs have decreased globally, and new, stronger bioinformatics tools have enabled broader and quicker uptake across new applications, diagnostics (human and environmental), microbiome research, and epidemiology. For instance, Illumina Inc. has a series of sequencers that are leading the way as a high-throughput shotgun metagenomic sequencing platform. The common denominator for growth in the metagenomic sequencing segment is the need for reliable accuracy and data sources that have density.

Clinical Diagnostic: A Key Segment in Market Growth

As the clinical/diagnostic benchmarking segment develops into a potential dominant driving force behind the metagenomic sequencing market, metagenomic sequencing as a diagnostic platform has the power to detect a wide range of pathogens with no prior knowledge of their presence, identify pathogens, and even indicate a suspected pathogen. The goal here is to enhance patient outcomes by using metagenomic sequencing to inform clinicians of potential treatments to work towards effectively treating infection. Diagnostic metagenomic sequencing can provide clinical insights into antimicrobial resistance, informing the decision-making for clinicians. Additionally, it is an effective diagnostic method of last resort for novel or rare pathogens and for multiple pathogens in patients who are immunocompromised. For instance, devices such as those used by Oxford Nanopore Technologies' MinION sequencing platform are already being embraced for real-time clinical diagnostics. The quickening pace of infectious diseases, the adoption of diagnostic metagenomic sequencing is indeed happening quickly, with known still-growing potential.

Regional Outlook

The global metagenomic sequencing market is further divided by geography, including North America (the US and Canada), Europe (the UK, Germany, France, Italy, Spain, Russia, and the Rest of Europe), Asia-Pacific (India, China, Japan, South Korea, Australia and New Zealand, ASEAN Countries, and the Rest of Asia-Pacific), and the Rest of the World (the Middle East & Africa, and Latin America).

Growing Applications in Medical Research and Healthcare in Europe

According to the Association of the British Pharmaceutical Industry (ABPI), in August 2024, highlighted the substantial growth of the global genomics market, driven by its critical applications in medical research and healthcare. The market is projected to expand by £10.75 billion ($11.6 billion) between 2021 and 2025. In the UK, genomics activities have created an estimated total turnover of £2.4 billion ($2.5 billion) in recent years. The UK has emerged as a global leader in genomic capabilities with the support of the Bioindustry Association (BIA), Medicines Discovery Catapult (MDC), and the Wellcome Sanger Institute, which identified over 140 genomics companies in the UK, with an estimated turnover of £2.4 billion ($2.5 billion). The strong genomic ecosystem was important to the UK's response to the COVID-19 pandemic, including the COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) and large-scale diagnostics and sequencing on a national level. This strong base, particularly in metagenomic sequencing, is poised for rapid growth as genomic technologies continue to advance and as genomics becomes more widely adopted in both research and clinical diagnostics. This growth will pave the way for innovation and precision medicine on an international scale.

North America Region Dominates the Market with Major Share

The North American market for metagenomic sequencing is experiencing solid expansion as a result of many different factors. The region has a large number of established advanced research agencies. Many biotechnology companies have been established in the area. Public and private sector investments in genomics or precision medicine continue to grow, helping to propel market growth. The rise in prevalence of chronic diseases and infectious diseases is fueling the need to develop novel and advanced diagnostic testing. Policies supporting metagenomic technologies from governments and funding initiatives will facilitate development beyond sequencing technology. The healthcare system in the region is well developed, allowing for early adoption of the latest technology supported by programs and policymakers. The science community around academia and industry promotes collaborations and is helping to deliver scientific advancement more rapidly. Increased awareness of microbial genomics for clinical and environmental applications will assist in sustainable market growth.

Market Players Outlook

The major companies operating in the global metagenomic sequencing market include BGI Genomics, Illumina, Inc., Oxford Nanopore Technologies, QIAGEN N.V., and Thermo Fisher Scientific Inc., among others. Market players are leveraging partnerships, collaborations, mergers, and acquisition strategies for business expansion and innovative product development to maintain their market positioning.

Recent Developments

• In April 2025, Metabolon, Inc., a commercially provides metabolomics solutions that support a variety of life science research, diagnostic, therapeutic product development, and precision medicine applications, announced the launch of a complete microbiome research solution that combines metagenomics sequencing and bioinformatics tools with a new microbiome metabolite panel. Metabolon's new microbiome research solution offers high-quality metagenomic sequencing options, allowing customers to select sequencing methods and depths for seamless integration of their metagenomics data with metabolomic and phenotypic data.
• In October 2024, Delve Bio, in metagenomic next generation sequencing (mNGS) for infectious diseases, and Broad Clinical Labs (BCL), the leading genome sequencing and testing laboratory, announced a partnership to provide the expertise in neurology, infectious disease, and clinical genomics to scale up metagenomics access for individuals with neurological infections.

The Report Covers:

• Market value data analysis of 2024 and forecast to 2035.
• Annualized market revenues ($ million) for each market segment.
• Country-wise analysis of major geographical regions.
• Key companies operating in the global metagenomic sequencing market. Based on the availability of data, information related to new products and relevant news is also available in the report.
• Analysis of business strategies by identifying the key market segments positioned for strong growth in the future.
• Analysis of market-entry and market expansion strategies.
• Competitive strategies by identifying 'who-stands-where' in the market.

Table of Contents

1. Report Summary

• Current Industry Analysis and Growth Potential Outlook
• Global Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis - Technology | Product & Service | Workflow | Application ($ Million)
• Metagenomic Sequencing Market Sales Performance of Top Countries
• 1.1. Research Methodology
• Primary Research Approach
• Secondary Research Approach
• 1.2. Market Snapshot

2. Market Overview and Insights

• 2.1. Scope of the Study
• 2.2. Analyst Insight & Current Market Trends
  • 2.2.1. Key Metagenomic Sequencing Industry Trends
  • 2.2.2. Market Recommendations
• 2.3. Porter's Five Forces Analysis for the Metagenomic Sequencing Market
  • 2.3.1. Competitive Rivalry
  • 2.3.2. Threat of New Entrants
  • 2.3.3. Bargaining Power of Suppliers
  • 2.3.4. Bargaining Power of Buyers
  • 2.3.5. Threat of Substitutes

3. Market Determinants

• 3.1. Market Drivers
  • 3.1.1. Drivers For the Global Metagenomic Sequencing Market: Impact Analysis
• 3.2. Market Pain Points and Challenges
  • 3.2.1. Restraints For the Global Metagenomic Sequencing Market: Impact Analysis
• 3.3. Market Opportunities

4. Competitive Landscape

• 4.1. Competitive Dashboard - Metagenomic Sequencing Market Revenue and Share by Manufacturers
• Metagenomic Sequencing Product Comparison Analysis
• Top Market Player Ranking Matrix
• 4.2. Key Company Analysis
  • 4.2.1. BGI Genomics
    • 4.2.1.1. Overview
    • 4.2.1.2. Product Portfolio
    • 4.2.1.3. Financial Analysis (Subject to Data Availability)
    • 4.2.1.4. SWOT Analysis
    • 4.2.1.5. Business Strategy
  • 4.2.2. Illumina, Inc.
    • 4.2.2.1. Overview
    • 4.2.2.2. Product Portfolio
    • 4.2.2.3. Financial Analysis (Subject to Data Availability)
    • 4.2.2.4. SWOT Analysis
    • 4.2.2.5. Business Strategy
  • 4.2.3. Oxford Nanopore Technologies plc.
    • 4.2.3.1. Overview
    • 4.2.3.2. Product Portfolio
    • 4.2.3.3. Financial Analysis (Subject to Data Availability)
    • 4.2.3.4. SWOT Analysis
    • 4.2.3.5. Business Strategy
  • 4.2.4. QIAGEN GmbH
    • 4.2.4.1. Overview
    • 4.2.4.2. Product Portfolio
    • 4.2.4.3. Financial Analysis (Subject to Data Availability)
    • 4.2.4.4. SWOT Analysis
    • 4.2.4.5. Business Strategy
  • 4.2.5. Thermo Fisher Scientific Inc.
    • 4.2.5.1. Overview
    • 4.2.5.2. Product Portfolio
    • 4.2.5.3. Financial Analysis (Subject to Data Availability)
    • 4.2.5.4. SWOT Analysis
    • 4.2.5.5. Business Strategy
• 4.3. Top Winning Strategies by Market Players
  • 4.3.1. Merger and Acquisition
  • 4.3.2. Product Launch
  • 4.3.3. Partnership And Collaboration

5. Global Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis by Technology ($ Million)

• 5.1. 16s RNA Sequencing
• 5.2. Shotgun Metagenomic Sequencing
• 5.3. Whole-Genome Sequencing and De Novo Assembly
• 5.4. Metatranscriptomics

6. Global Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis by Product & Service ($ Million)

• 6.1. Reagents and Consumables
• 6.2. Instruments
• 6.3. Sequencing Services
• 6.4. Analysis and Data Interpretation Solutions

7. Global Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis by Workflow ($ Million)

• 7.1. Sample Preparation
• 7.2. Sequencing
• 7.3. Data Processing and Analysis

8. Global Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis by Application ($ Million)

• 8.1. Drug Discovery
• 8.2. Clinical Diagnostic
• 8.3. Soil Microbiome
• 8.4. Industrial Applications
• 8.5. Ecological and Environmental
• 8.6. Veterinary

9. Regional Analysis

• 9.1. North American Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis - Technology | Product & Service | Workflow | Application | Country ($ Million)
• Macroeconomic Factors for North America
  • 9.1.1. United States
  • 9.1.2. Canada
• 9.2. European Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis - Technology | Product & Service | Workflow | Application | Country ($ Million)
• Macroeconomic Factors for Europe
  • 9.2.1. UK
  • 9.2.2. Germany
  • 9.2.3. Italy
  • 9.2.4. Spain
  • 9.2.5. France
  • 9.2.6. Russia
  • 9.2.7. Rest of Europe
• 9.3. Asia-Pacific Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis - Technology | Product & Service | Workflow | Application | Country ($ Million)
• Macroeconomic Factors for Asia-Pacific
  • 9.3.1. China
  • 9.3.2. Japan
  • 9.3.3. South Korea
  • 9.3.4. India
  • 9.3.5. Australia & New Zealand
  • 9.3.6. ASEAN Countries (Thailand, Indonesia, Vietnam, Singapore, And Other)
  • 9.3.7. Rest of Asia-Pacific
• 9.4. Rest of the World Metagenomic Sequencing Market Sales Analysis - Technology | Product & Service | Workflow | Application | Country ($ Million)
• Macroeconomic Factors for the Rest of the World
  • 9.4.1. Latin America
  • 9.4.2. Middle East and Africa

10. Company Profiles

• 10.1. Agilent Technologies, Inc.
  • 10.1.1. Quick Facts
  • 10.1.2. Company Overview
  • 10.1.3. Product Portfolio
  • 10.1.4. Business Strategies
• 10.2. Azenta Life Sciences
  • 10.2.1. Quick Facts
  • 10.2.2. Company Overview
  • 10.2.3. Product Portfolio
  • 10.2.4. Business Strategies
• 10.3. Baseclear B.V.
  • 10.3.1. Quick Facts
  • 10.3.2. Company Overview
  • 10.3.3. Product Portfolio
  • 10.3.4. Business Strategies
• 10.4. BGI Group
  • 10.4.1. Quick Facts
  • 10.4.2. Company Overview
  • 10.4.3. Product Portfolio
  • 10.4.4. Business Strategies
• 10.5. Biomarker Technologies (BMKGENE)
  • 10.5.1. Quick Facts
  • 10.5.2. Company Overview
  • 10.5.3. Product Portfolio
  • 10.5.4. Business Strategies
• 10.6. Biomatters Ltd. (Geneious)
  • 10.6.1. Quick Facts
  • 10.6.2. Company Overview
  • 10.6.3. Product Portfolio
  • 10.6.4. Business Strategies
• 10.7. Bio-Rad Laboratories, Inc.
  • 10.7.1. Quick Facts
  • 10.7.2. Company Overview
  • 10.7.3. Product Portfolio
  • 10.7.4. Business Strategies
• 10.8. Cd Genomics
  • 10.8.1. Quick Facts
  • 10.8.2. Company Overview
  • 10.8.3. Product Portfolio
  • 10.8.4. Business Strategies
• 10.9. Celemics, Inc.
  • 10.9.1. Quick Facts
  • 10.9.2. Company Overview
  • 10.9.3. Product Portfolio
  • 10.9.4. Business Strategies
• 10.10. Cosmosid Inc.
  • 10.10.1. Quick Facts
  • 10.10.2. Company Overview
  • 10.10.3. Product Portfolio
  • 10.10.4. Business Strategies
• 10.11. DNAnexus, Inc.
  • 10.11.1. Quick Facts
  • 10.11.2. Company Overview
  • 10.11.3. Product Portfolio
  • 10.11.4. Business Strategies
• 10.12. Eurofins Scientific SE
  • 10.12.1. Quick Facts
  • 10.12.2. Company Overview
  • 10.12.3. Product Portfolio
  • 10.12.4. Business Strategies
• 10.13. F. Hoffmann-La Roche Ltd.
  • 10.13.1. Quick Facts
  • 10.13.2. Company Overview
  • 10.13.3. Product Portfolio
  • 10.13.4. Business Strategies
• 10.14. Illumina, Inc.
  • 10.14.1. Quick Facts
  • 10.14.2. Company Overview
  • 10.14.3. Product Portfolio
  • 10.14.4. Business Strategies
• 10.15. Macrogen, Inc.
  • 10.15.1. Quick Facts
  • 10.15.2. Company Overview
  • 10.15.3. Product Portfolio
  • 10.15.4. Business Strategies
• 10.16. MGI tech GmbH, Ltd.
  • 10.16.1. Quick Facts
  • 10.16.2. Company Overview
  • 10.16.3. Product Portfolio
  • 10.16.4. Business Strategies
• 10.17. Microsynth AG
  • 10.17.1. Quick Facts
  • 10.17.2. Company Overview
  • 10.17.3. Product Portfolio
  • 10.17.4. Business Strategies
• 10.18. MR DNA (Molecular Research LP)
  • 10.18.1. Quick Facts
  • 10.18.2. Company Overview
  • 10.18.3. Product Portfolio
  • 10.18.4. Business Strategies
• 10.19. New England Biolabs, Inc.
  • 10.19.1. Quick Facts
  • 10.19.2. Company Overview
  • 10.19.3. Product Portfolio
  • 10.19.4. Business Strategies
• 10.20. Novogene Co., Ltd.
  • 10.20.1. Quick Facts
  • 10.20.2. Company Overview
  • 10.20.3. Product Portfolio
  • 10.20.4. Business Strategies
• 10.21. Oxford Nanopore Technologies plc.
  • 10.21.1. Quick Facts
  • 10.21.2. Company Overview
  • 10.21.3. Product Portfolio
  • 10.21.4. Business Strategies
• 10.22. Pacific Biosciences Of California, Inc. (Pacbio)
  • 10.22.1. Quick Facts
  • 10.22.2. Company Overview
  • 10.22.3. Product Portfolio
  • 10.22.4. Business Strategies
• 10.23. QIAGEN GmbH
  • 10.23.1. Quick Facts
  • 10.23.2. Company Overview
  • 10.23.3. Product Portfolio
  • 10.23.4. Business Strategies
• 10.24. Source BioScience UK Ltd.
  • 10.24.1. Quick Facts
  • 10.24.2. Company Overview
  • 10.24.3. Product Portfolio
  • 10.24.4. Business Strategies
• 10.25. Takara Bio Inc.
  • 10.25.1. Quick Facts
  • 10.25.2. Company Overview
  • 10.25.3. Product Portfolio
  • 10.25.4. Business Strategies
• 10.26. Thermo Fisher Scientific Inc.
  • 10.26.1. Quick Facts
  • 10.26.2. Company Overview
  • 10.26.3. Product Portfolio
  • 10.26.4. Business Strategies
• 10.27. Zymo Research Corp.
  • 10.27.1. Quick Facts
  • 10.27.2. Company Overview
  • 10.27.3. Product Portfolio
  • 10.27.4. Business Strategies