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市場調査レポート

NGS (次世代シーケンシング) のインフォマティクスソリューション:世界の商業環境 (2017年)

The 2017 Market for NGS Informatics: Probing the Commercial Landscape

発行 BioInformatics Inc. 商品コード 547708
出版日 ページ情報 英文 109 Pages
納期: 即日から翌営業日
価格
本日の銀行送金レート: 1USD=111.17円で換算しております。
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NGS (次世代シーケンシング) のインフォマティクスソリューション:世界の商業環境 (2017年) The 2017 Market for NGS Informatics: Probing the Commercial Landscape
出版日: 2017年08月08日 ページ情報: 英文 109 Pages
概要

当レポートでは、NGS (次世代シーケンシング) インフォマティクス製品のユーザーを対象に利用状況を調査した結果から、担当しているNGSデータ分析ワークフローの概要、利用中のプラットフォーム・ソリューションの概要、ワークフローおよび臨床環境における課題、製品・ソリューションに対する要望、製品・ソリューションへの支出動向、予算および予算配分、ソフトウェア購入の主な意思決定因子などをまとめています。

調査内容

  • NGSデータ分析・ソフトウェアソリューション
    • NGSワークフロー
      • データ分析ワークフロー
      • 利用中のNGSプラットフォーム
      • NGSアプリケーション
      • 分析対象検体
      • 処理サンプル数
      • バリアントコーリング
    • NGSソフトウェアソリューションの利用
      • NGSデータ分析ワークフローにおける課題
      • NGSデータ分析ソフトウェアソリューションのタイプ
        • 商用ソフトウェアソリューション
        • フリーウェア
        • 社内開発によるソリューション
        • シーケンシングプラットフォームからのバリアントコーリングパッケージ
      • ソフトウェアのペインポイントの分析
      • ハードウェアペインポイント
      • データストレージ
      • タスクベースのNGSラボ機能
      • 希望する分析ソフトウェア機能
      • ソフトウェアプロバイダーに対する認知度
    • クラウドベースのソリューション
      • クラウドコンピューティングの利用
      • 現在利用中のクラウドベースのソリューション
      • NGSデータ分析ワークフローにおける課題
        • オープンソース ソリューション
        • 商用ソリューション
    • 臨床的課題
      • NGSによる検査のタイプ
      • データベース利用
      • MAF (Minor allele frequency) のカットオフ
      • 最終分析に必要な情報
      • NGS/EHRデータ統合における主要課題
      • NGSの主要なガイドライン
      • 臨床環境における主要課題
    • 予算・支出額
      • NGSソリューションの現在の入手法
      • 購入した関連製品
      • サブスクリプションの支払いの頻度
      • 現在のNGSソフトウェアソリューションのコスト
      • NGSデータ分析辺りのコスト
        • スモールパネル
        • ラージパネル
        • 全エクソームシーケンシング
        • 全ゲノムシーケンシング
      • 好みの支払い方法
      • 現在・好みの支払い構造
      • NGSデータ分析の年間ラボ予算
      • ツール間の予算分布
      • 予算変更の見通し
      • ソフトウェア購入の意思決定因子
目次
Product Code: 17-012

Laboratories around the world are generating raw sequencing data at an unprecedented rate. Today it is possible to generate hundreds of millions of relatively short sequences in a single run in a short period of time with low per base cost. These technological developments have enabled widespread adoption of sequencing. At the same time, the challenges of aligning, analyzing, annotating and understanding the terabytes of data generated represent a major bottleneck in biological discovery and clinical adoption. Indeed, a plot of Moore's Law compared to sequencing throughput shows the cost of DNA sequencing has declined much faster than the cost of disk storage and processing power.

The 2017 Market for NGS Informatics: Probing the Commercial Landscape is designed to help companies understand these challenges from the perspective of NGS users. The scale of the data generated is not simply an obstacle for individual researchers trying to interpret it, but it presents significant informatics issues for reproducibility and even collaboration. NGS users are well aware that simply generating data does not lead to a proportionate increase in knowledge.

Sequencing an individual human genome involves generating short reads and mapping them to a known human reference genome. Read alignment maps hundreds of millions of short strings onto a reference string that can be three billion in length. Scientists and bioinformaticians are challenged to continually develop advanced data structures and highly parallel algorithms.

The direction of genomic research is changing. In the past, a single or just a handful of genomes were analyzed. Many translation research projects and the promise of personalized medicine now involve the analysis of hundreds of genomes in a single run. Storing and transmitting genomic data is another major challenge. According to sequencing expert Shawn Baker, Ph.D., the BAM file (a semi compressed alignment file) for a single 30X human whole-genome sample is about 90 GB. A relatively modest project of 100 samples would generate nine terabytes of BAM files. The problem is further exacerbated by the creation of metadata files to ensure data associated with a genome is not lost, and the integration with other types of information such as transcriptomic, methylomic and metabolomic data.

NGS data analysis, transmission and storage must also take into account the issues of data privacy and security which has inhibited the widespread adoption of cloud-based solutions and is particularly sensitive in clinical applications.

The scope and scale of sequencing projects will only continue to grow as speed and read lengths increase. But continued advancements in sequencing technology are offset by the ability of scientists to interpret biologically or clinically relevant information. The 2017 Market for NGS Informatics: Probing the Commercial Landscape provides insights into the needs of end-users so that solutions to the challenges can be overcome.

Table of Contents

NGS Data Analysis and Software Solutions

  • NGS Workflow
    • Data Analysis Workflow
    • NGS Platform in Use
    • NGS Applications
    • Specimens Analyzed
    • Number of Samples Processed
    • Variant Calling
  • Use of NGS Software Solutions
    • NGS Data Analysis Workflow Challenges
    • Types of NGS Data Analysis Software Solutions
      • Commercial software solutions
      • Freeware
      • In-house developed solutions
      • Variant calling packages from sequencing platform
    • Analysis Software Pain Points
    • Hardware Pain Points
    • Data Storage
    • Task-Based NGS Lab Capabilities
    • Desired Analysis Software Features
    • Familiarity with Software Providers
  • Cloud-Based Solutions
    • Utilization of Cloud Computing
    • Cloud-Based Solutions Currently Used
    • NGS Data Analysis Workflow Challenges
    • Open source solutions
    • Commercial solutions
  • Clinical Issues
    • Types of Testing Performed Using NGS
    • Database Usage
    • Minor Allele Frequency Cutoffs
    • Information Required for Final Analysis
    • Top Challenges in NGS/EHR Data Integration
    • Prevalent Guidelines for NGS
    • Top Challenges in Clinical Environments
  • Budget & Spending
    • Current Methods for Acquiring NGS Solutions
    • Related Products Also Purchased
    • Subscription Payment Frequency
    • Cost of Current NGS Software Solutions
    • Cost per Analysis for NGS Data
      • Small Panel
      • Large Panel
      • Whole exome sequencing
      • Whole genome sequencing
    • Preferred Payment Methods
    • Current and Preferred Payment Structure
    • Annual Lab Budgets for NGS Data Analysis
    • Budget Distribution Between Tools
    • Budget Change Predictions
    • Software Purchasing Decision Factors
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